親和層析主要依靠蛋白質(zhì)與介質(zhì)配體(tǐ)間特異性的可(kě)逆結合作(zuò)用(yòng)進行分(fēn)離。配體(tǐ)可(kě)直接與目标蛋白質(zhì)結合，也可(kě)以與蛋白質(zhì)共價結合的标簽結合。親和層析通常是一種最粗放的純化過程，一般在純化工(gōng)藝的前期應用(yòng)，可(kě)将目标物(wù)質(zhì)快速的從樣本中(zhōng)捕獲出來，基于後續應用(yòng)的要求，可(kě)能(néng)隻需要一步親和層析即可(kě)獲得純度合格的蛋白質(zhì)。
檢查質(zhì)粒序列或将标簽移到其他(tā)位置，标簽移到其它位置扔被包裹在結構内部時，就要将标簽暴露出來（如用(yòng)尿素變性，但尿素變性性隻有(yǒu)部分(fēn)标簽蛋白可(kě)以和親和填料結合如His标簽蛋白和金屬螯合填料，但GST标簽和GST填料就不能(néng)在親和結合）
調整緩沖液，如金屬螯合介質(zhì)和His标簽蛋白結合時pH應在7.3-8.5之間，在如肝素親和介質(zhì)和DNA聚合酶結合時鹽濃度太高影響結合，應控制在50mM以下。層析柱沒平衡好，柱床體(tǐ)系中(zhōng)的環境如pH，離子強度也會影響結合，層析上樣前要充分(fēn)的平衡層析柱。
降低上樣流速讓蛋白和介質(zhì)有(yǒu)充分(fēn)的接觸時間。
親和介質(zhì)分(fēn)類，一類是特異性結合一種蛋白，另一類是特異性結合一類蛋白。如蛋白a介質(zhì)結合一種蛋白，而肝素介質(zhì)結合一類蛋白。所以選擇的時侯我們一定要了解其原理(lǐ)。
增加洗脫強度，比如his蛋白和鎳柱結合，可(kě)以增加取代基咪唑的濃度。
通過調整層析過程的緩沖液增加蛋白的穩定性，改善蛋白在層析柱上的狀态。聚集在層析柱上時就要對層析柱進行CIP清洗。
調整層析過程的流速，流速影響蛋白質(zhì)和介質(zhì)的親和力，層析時要選擇合适的流速。
上樣後，要對柱床進行充分(fēn)的淋洗，将未和介質(zhì)結合的留在介質(zhì)顆粒間隙，孔内的蛋白洗出來，在洗脫。
優化體(tǐ)系緩沖液，比如加入10%的甘油等減少蛋白之間的非特異性結合。
優化緩沖液，減少層析過程的非特異性結合，如His蛋白用(yòng)金屬螯合填料純化時，可(kě)以在緩沖液中(zhōng)加入300mM的氯化鈉，減少蛋白和介質(zhì)的非特異性結合。
如肝素柱子洗脫過程中(zhōng)拉合适的鹽梯度可(kě)以提高特異性，His标簽蛋白和金屬螯合介質(zhì)結合後，洗脫時拉咪唑梯度可(kě)以提高純度。
優化緩沖液使其利于蛋白質(zhì)保持穩定。蛋白質(zhì)在介質(zhì)上的高密度下容易聚集可(kě)以添加一些蛋白的增溶劑等。
純化過程中(zhōng)保持蛋白的活性的輔助因子被去除
如一些酶類的活性需要金屬離子輔助其活性，在純化過程中(zhōng)就要添加蛋白的活性輔助因子。
