Applied Biosystems™提供兩種阈值設置方法：自動和手動。自動設置中(zhōng)，軟件将自動選擇阈值，此阈值更适合平台更高的曲線 (圖3中(zhōng)的藍(lán)色曲線)。然而這将導緻此數據組中(zhōng)的紅色曲線的 Ct 值出現偏差，因爲其至佳阈值比此值更低。通常情況下(xià)，默認設置通常已十分(fēn)适當，但也可将阈值手動拖至指數期中(zhōng)間，以獲得更高的準确度。因此，需對每個數據組進行獨立研究，這樣才能根據具體(tǐ)情形選擇至佳阈值。