Applied Biosystems™提供兩種阈值設置方法：自動和手動。自動設置中(zhōng)，軟件将自動選擇阈值，此阈值更适合平台更高的曲線(xiàn) (圖3中(zhōng)的藍色曲線(xiàn))。然而這将導緻此數據組中(zhōng)的紅色曲線(xiàn)的 Ct 值出現偏差，因為(wèi)其至佳阈值比此值更低。通常情況下，默認設置通常已十分(fēn)适當，但也可(kě)将阈值手動拖至指數期中(zhōng)間，以獲得更高的準确度。因此，需對每個數據組進行獨立研究，這樣才能(néng)根據具(jù)體(tǐ)情形選擇至佳阈值。