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    三代測序,爲樣品質控保駕護航

    當前,以PacBio、Nanopore爲代表的三代測序技術已成爲全基因組測序(WGS)的主流方法。利用無需PCR過程的單分(fēn)子測序技術,進行長讀長測序,無論是對基因組組裝還是基因組變異檢測,都具有很高的準确率。更可利用測序過程中(zhōng)聚合酶反應的動力學變化,分(fēn)析基因組學和表觀遺傳學數據,适合于基于多組學研究的應用場景。

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    結合當前大(dà)力發展中(zhōng)醫藥研究及産業化的時代大(dà)背景,基于全基因組測序及多組學研究的技術,已經成爲了中(zhōng)醫藥科學研究的重要推動力。日前,來自醫科大(dà)學、中(zhōng)醫科學院道地藥材重點實驗室、以及安諾優達的聯合團隊利用PacBio三代測序技術,發表了一(yī)個染色體(tǐ)水平的高質量三七參考基因組,并通過基因組演化分(fēn)析,鑒定了系統發育與全基因組複制事件對于皂苷合成的影響。

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    三七是五加科人參屬的多年生(shēng)草本植物(wù),因其廣泛的藥理學作用,在中(zhōng)國近千年的臨床治療中(zhōng)發揮了重要的作用。結合多組學研究數據,研究人員(yuán)還對三七進行了詳細的轉錄水平分(fēn)析,揭示了三七的小(xiǎo)塊莖形成的基因調控機制,從時間和空間水平上,進一(yī)步研究了皂苷的合成和調控。鑒定到了5個糖基轉移酶基因,在三七中(zhōng)催化不同的人參皂苷的形成。

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    文章中(zhōng)所報道的三七全基因組數據爲将來進一(yī)步研究三七生(shēng)長特性、栽培、育種以及皂苷合成提供了遺傳數據資(zī)源。這一(yī)成果發表于核心期刊《Plant Communications》。

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    三代全基因組測序對基因組DNA的濃度、純度有較高要求,隻有質量合格的樣品才能進入測序流程,否則将導緻錯誤的産生(shēng)。   

    本文中(zhōng)樣品質控使用了Implen的Nanophotometer®及Qubit 2.0,分(fēn)别對提取的基因組DNA進行純度及濃度檢測。A260/A280、A260/A230方法爲核酸樣品質控的通用方法,同時也是目前的标準方法。Nanophotometer®可以準确的測量A260/A280和A260/A230,提供完整的DNA純度數據,完全符合期刊對于數據完整性的要求。

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    這得益于設備高精度的光學結構,在全波長掃描下(xià)可同時獲得全波長數據。無論是NGS,三代測序,還是QPCR,DNA還是RNA,Nanophotometer®都可以令您得心應手,助力您的科學研究。

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    如果您使用基因測序作爲研究手段,可根據通量需求選擇Implen的N60或N120系列,實現對少量或大(dà)量核酸樣本的質控。N60作爲單通道設備,性能出衆,操作便捷;N120可一(yī)次測量12個樣品,得到準确結果。二者均具有很好的波長精度,适合多波長測量下(xià)的比值數據獲取。

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    相信Nanophotometer®超微量分(fēn)光光度計能夠成爲您在基因測序工(gōng)作中(zhōng)值得信賴的好工(gōng)具。

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